Geneious是專(zhuān)為分子生物學(xué)家和生物化學(xué)家設(shè)計(jì)的一款軟件,提供便捷的梯形擬合和峰值調(diào)用功能,幫助用戶快速生成基因型微衛(wèi)星位點(diǎn)和等位基因列表。軟件支持序列對(duì)比和系統(tǒng)學(xué)分析、毗連群、引物設(shè)計(jì)和克隆和限制性分析等。
主要功能
1、NGS分析和基因組學(xué)
使用行業(yè)領(lǐng)先的算法,包括TopHat和Velvet,Illumina、PacBio或Torrent讀數(shù)(任何長(zhǎng)度、成對(duì)端、條形碼)的從頭組裝或參考映射。對(duì)數(shù)據(jù)的綜合分析,包括基因組瀏覽器、持續(xù)的可視化、SNP調(diào)用和RNA-Seq表達(dá)式分析。
2、序列圖和色譜分析
修剪、組裝和查看Sanger排序跟蹤文件,正確的堿基調(diào)用并創(chuàng)建一致的序列;蝾A(yù)測(cè)、模式、翻譯和變異調(diào)用的自動(dòng)標(biāo)注;蛐臀⑿l(wèi)星跟蹤自動(dòng)梯擬合和峰值調(diào)用和生成等位基因表。
3、對(duì)齊和樹(shù)構(gòu)建
使用包括MAFFT和ClustalW在內(nèi)的可信算法對(duì)DNA或蛋白質(zhì)進(jìn)行成對(duì)和多種比對(duì)。查看和編輯實(shí)時(shí)翻譯和突出顯示。使用包括RAxML和PAUP在內(nèi)的同行評(píng)審算法構(gòu)建系統(tǒng)樹(shù),并為公開(kāi)準(zhǔn)備的圖形調(diào)整顯示設(shè)置。
4、分子克隆
查看質(zhì)粒圖,自動(dòng)注釋矢量并用注釋復(fù)制粘貼序列。尋找限制站點(diǎn)、消化、連接和執(zhí)行Golden Gate,Gibson和Gateway克隆。設(shè)計(jì)引物,找到CRISPR站點(diǎn)并優(yōu)化密碼。在克隆過(guò)程中跟蹤歷史和親子后代譜系。
5、搜索、共享和自動(dòng)化
針對(duì)NCBI進(jìn)行批量BLAST,并直接搜索GenBank。使用無(wú)縫集成的共享庫(kù)集中和協(xié)作數(shù)據(jù)。導(dǎo)入和導(dǎo)出大多數(shù)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)文件格式。建立自動(dòng)化的工作流程,以提高效率,控制業(yè)務(wù)流程,并減少您的研究中的人為錯(cuò)誤。
6、SnapGene文件導(dǎo)出
將SnapGene*.dna序列文件拖放到Geneious中,無(wú)縫地導(dǎo)入序列及其注釋和其他元數(shù)據(jù)。
7、CRISPR-CPF1特異性評(píng)分
自信地選擇最佳CRISPR-CPF1引導(dǎo)RNA位點(diǎn)使用新的特異性評(píng)分,這是根據(jù)對(duì)您選擇的數(shù)據(jù)庫(kù)的非目標(biāo)分析計(jì)算出來(lái)的。
8、智能NGS導(dǎo)入
只需一個(gè)簡(jiǎn)單的步驟就可以將任何類(lèi)型的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中,即使您有不同的樣品和參考序列的混合物。
9、CRISPR Cpf1選項(xiàng)
添加了CRISPR-CPF1與5’PAM位點(diǎn)的支持。在A和T豐富序列中找到位點(diǎn),并在體內(nèi)具有更高的裂解效率。
10、RNA-Seq表達(dá)分析的火山圖
在交互式火山圖中可視化基因表達(dá),可以用來(lái)突出和跳轉(zhuǎn)到差異表達(dá)基因。
常見(jiàn)問(wèn)題
如何卸載Geneious軟件?
方法一:打開(kāi)電腦控制面板》》程序》》程序和功能,在程序和功能面板中找到Geneious軟件,右鍵點(diǎn)擊卸載即可。
方法二:安裝并打開(kāi)電腦管家軟件,選擇進(jìn)入軟件管理選項(xiàng),點(diǎn)擊卸載選項(xiàng),在列表中找到Geneious軟件,點(diǎn)擊卸載即可。
方法三:安裝并打開(kāi)360軟件管家,在卸載選項(xiàng)的列表中找到Geneious軟件,點(diǎn)擊卸載即可。
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